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Le Foot Clan était un clan japonais de ninjas existant depuis l’époque médiévale. Son plus célèbre et terrible maître était Oroku Saki, qui avide de pouvoir, n’hésita pas à commettre de nombreux crimes. Un haut gradé de son clan s’est opposé à ses décisions, Hamato Yoshi. En représailles, Saki fit assassiner sa famille, mais seule sa femme périt. Yoshi et ses enfants partirent se réfugier dans la nature, où il leur enseigna les arts martiaux pour se défendre. Le Foot Clan les retrouva et Oroku Saki les fit exécuter tous les cinq.
Au XXIe siècle, Yoshi et ses fils se réincarnèrent en rat et tortues dans la laboratoire, puis devinrent des mutants avec des bribes de leur vie passée. Ensemble, ils livrèrent une nouvelle bataille contre Shredder, qui finit en prison (Batman / TMNT, part. 6). À la suite d’une erreur de Donatello, Bane se rendit à New York pour essayer de marcher sur la ville et la diriger. Il fit plier le Foot Clan sous son joug, se créant sa propre armée à l’aide de son Venom (Batman / TMNT II, part. 2). C’est finalement avec l’aide de Shredder que les tortues et Batman parvinrent à vaincre le colosse et rendre le clan à Karai (Batman / TMNT II, part. 6).