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La série ne possède qu’une seule saison, diffusée sur Fox à l’origine, du 12 septembre 1997 au 11 octobre 1998. Les vingt-six épisodes furent diffusés en deux parties, une première à l’automne, et une seconde au printemps. La diffusion de la seconde partie de la Saison 1 a été extrêmement désordonnées, commençant par les derniers épisodes.
Cela aboutit souvent à une confusion, principalement chez les éditeurs de DVDs, parlant de deux saisons de treize épisodes chacune. Cela est totalement faux. Une seconde saison était planifiée, mais finalement annulée suite au faible succès rencontré par la série.

À ces épisodes s’ajoutent deux épisodes cross-over compris dans la sixième saison des Power Rangers. La fin de l’épisode 3, Vaisseau en péril, introduit les tortues avant de leur consacrer l’épisode suivant avec les rangers nommé Des tortues dans l’espace.

1. L’Orient à la recherche de l’Occident – 1^re partie (East Meets West – Part 1) – 12 septembre 1997
2. L’Orient à la recherche de l’Occident – 2^e partie (East Meets West – Part 2) – 19 septembre 1997
3. L’Orient à la recherche de l’Occident – 3^e partie (East Meets West – Part 3) – 26 septembre 1997
4. L’Orient à la recherche de l’Occident – 4^e partie (East Meets West – Part 4) – 3 octobre 1997
5. L’Orient à la recherche de l’Occident – 5^e partie (East Meets West – Part 5) – 10 octobre 1997
6. La houlette de Bu Ki (The Staff of Bu-Ki) – 17 octobre 1997
7. Un drôle de singe (Silver and Gold) – 24 octobre 1997
8. Le savant fou (Meet D^r. Quease) – 31 octobre 1997
9. Le bébé tortue (All in the Family) – 7 novembre 1997
10. Le nouveau roi (King Wick) – 14 novembre 1997
11. Le bulletin de loto (Windfall) – 21 novembre 1997
12. La grande nuit des animaux (Turtles’ Night Out) – 28 novembre 1997
13. Les clones (Mutant Reflections) – 11 mai 1998
14. Tous à l’écoute de Radio égouts (Truce or Consequences) – 6 avril 1998
15. Hypnose (Sewer Crash) – 13 mai 1998
16. Gare aux gorilles (Going Ape) – 27 avril 1998
17. L’ennemi de mon ennemi (Enemy of my Enemy) – 14 mai 1998
18. Méfiez-vous du Docteur Quease (Trusting Dr. Quease) – 23 avril 1998
19. Le bon dragon (The Good Dragon) – 12 mai 1998
20. L’invité de Splinter (The Guest) – 4 mai 1998
21. Les frères ennemis (Like Brothers) – 24 avril 1998
22. Cœur de vampire – 1^re partie (Unchain My Heart – Part 1) – 6 février 1998
23. Cœur de vampire – 2^e partie (Unchain My Heart – Part 2) – 11 octobre 1998
24. Cœur de vampire – 3^e partie (Unchain My Heart – Part 3) – 20 février 1998
25. Cœur de vampire – 4^e partie (Unchain My Heart – Part 4) – 27 février 1998
26. Mais à quoi joue Vénus ? (Who Needs Her?) – 15 mai 1998

Article repris partiellement de:
Ninja Turtles: The Next Mutation – Turtle Pedia
Les Tortues Ninja, la nouvelle génération