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En Chine, le grand maître Chung I est soucieux: il est le gardien d’un miroir, où est emprisonné le Seigneur Dragon, une puissante créature, millénaire. Le Seigneur a recouvré une partie de ses pouvoirs, et Chung n’est plus à même de pouvoir garder la créature dans sa cage. Il est aidé par sa disciple, Mei Pieh Chi, une tortue humanoïde femelle, formée pour être Shinobi. Mais Dragon parvient à intérragir avec le monde réel, et blesse mortellement le maître de Mei. Il demande à sa disciple, dans un dernier souffle, d’aller en Amérique, prévenir une autre personne capable de tenir tête à Dragon: Splinter.
A New York, les tortues mènent la lutte contre le Clan des Foot. Lors d’une virée nocturne, Raphaël est piégé par les soldats de Shredder. Il se fait très vite aider par Splinter. De retour au repère, Splinter s’isole, pour méditer, dans le Monde des Rêves. Il est alors pris dans un piège mental: le Seigneur Dragon parvient à s’introduire dans la médiation du rat, et le capturer. S’il parvient à le tuer, rien ne l’empêchera de revenir dans le monde réel, et surtout, personne ne pourra le renvoyer dans le monde du miroir.
Mei Pieh Chi arrive alors dans le repère des tortues, qui apprennent alors qu’elles ne sont pas les seules tortues mutantes au monde, contrairement à ce qu’elles avaient cru. Elle leur apprend qu’avec ses pouvoirs de Shinobi, elle peut intégrer le Monde des Rêves, et sauver le maître. Mais pour ça, il ne fallait pas qu’elle se fasse prendre. Mais avant cela, les tortues partent pour mettre un terme aux agissements de Shredder. Elles s’introduisent dans son repère, et espionnent la réunion qu’il donne à ses hommes. Mais les poutres, sur lesquelles les cinq tortues s’appuyaient pour espionner la scène, cèdent, et elles tombent au milieu de la réunion. Les quatre tortues combattent les Foot, tandis que Mei détruit mentalement Shredder. Les Foot sont vaincus.
Une fois les Foot démembrés, Mei, qui adopte le nouveau nom de Vénus, en référence à une statue détruite au cours d’un combat contre les Foot dans un parc de New York, tente de sauver Splinter. Elle y parvient, mais le Seigneur Dragon arrive, lui aussi à ses fins: sortir du Miroir. Il arrive à New York avec son armée, les Rank, des dragons humanoïdes vêtus comme des ninjas.
Au cours des vingt-six épisodes, les tortues se battent conte le Seigneur Dragon et ses différents hommes de mains. Mais aussi contre d’autres personnages loufoques, tous inventés pour cette série, comme Bonesteel, un chasseur de prime, le Docteur Quease, le singe mafieux Silver.
Un cross-over est également réalisé avec les Power Rangers dans l’Espace, licence appartenant également à Saban à cette époque. A la fin du troisième épisode de la saison 4, les tortues sont capturées par Astronema, qui leur fait subit un lavage de cerveau. Elle voit en elles un moyen de détruire les rangers. Les tortues intègrent dans le quatrième épisode, Shell Shocked, le groupe des rangers, et les capture. Mais la ruse d’Astronema ne fonctionne pas longtemps, et les tortues reprennent leur esprit.
Lors d’un épisode des Next Mutation, Leonardo fait par la suite référence aux Power Rangers, pour un plan d’attaque. 
Article traduit en partie de :
Ninja Turtles: The Next Mutation